No uso transmission sino Deluge. Me parece que quisiste poner que actualizaste de Hardy a Intrepid (ya sea actualizando o mediante una instalacion limpia teniendo el home separado)
Lo primero que se me ocurre es que te fijes en la carpeta de destino que venias usando para las descargas. Deberias tener todo lo que bajaste o estabas bajando.
Si las cosas estan donde deben estar, abris transmission, te aseguras que la carpeta de destino sea la correcta (En editar>Preferencias>Torrents) y por ultimo volves a abrir los torrents que estabas bajando, transmission tendria ver lo que tenes bajado de antes y seguir bajando.