si los datos estan en un directorio de /home/*, puedes hacer una particion nueva en el mismo disco duro y migrar el directorio home en su cabalidad hacia esa particion. Luego, al instalar ubuntu, eliges esa particion para ser montada como tu /home. eso se hace en el particionador que viene en el disco de instalacion de ubuntu y ubuntu server.
Esto permite que todas las preferencias que tenias de todos tus programas queden guardadas. A la hora de reinstalar tal o tal otra aplicacion, en teoria, esta aplicacion se cargará tal como lo tenias configurada anteriormente.
No tengo experiencia con red hat y no estoy seguro si, teniendo diferentes versiones de un programa, sean 100% compatibles. La idea es que si. Yo guarde mi home en una particion diferente y me cambie de ubuntu 8.10 a 9.04 y, aunque varios programas venian más nuevos que los de 8.10, se cargaron tal como lo habia dejado.
Ojala confirme o matize mi respuesta alguien con mas experiencia!