Después de mucho leer y darme vueltas me convencí que una de las primeras cosas que hay que hacer en Ubuntu es tener separado /home en otra partición, no entiendo por qué las versiones de Ubuntu no vienen ya con esto hecho, bueno porque deben considerarlo muy elemental y obvio, les recomiendo que lo hagan hoy día, ahora, y para ello hagan lo siguiente:
Vamos a suponer que ya destinaste una partición para albergar tu /home; la que en este caso llamaremos hda6
1.- Entrar a una sesión no gráfica: ctrl+alt+F1 (para volver lo haces con alt+F7) También lo puedes hacer en un terminal.
2.- Ingresas con tus datos de usuario
3.- Creas el directorio para montar la nueva partición: sudo mkdir /mnt/myhome
4.- Montas la partición en el directorio creado: sudo mount /dev/hda6 /mnt/myhome
5.- Copias el contenido de tu antigua home a la nueva: sudo mv /home/* /mnt/myhome/
6.- Abres el fstab para agregar la linea que permitirá que se monte en el arranque la nueva partición como /home: sudo gedit /etc/fstab
7.- Agregas la linea: /dev/hda6 /home ext3 defaults,errors=umount-ro 0 1 Guardar y salir
8.- Borrar /myhome de /mnt
9.- Ahora al reiniciar debería arrancar con el home desde la partición hda6
Les recomiendo leer un artículo de wikipedia que explica como funciona este asunto de las particiones y los sistemas de ficheros. Su lectura les ahorrará muchas horas de búsqueda y dudas. Esta es su dirección: